Más tarde Konan aparece dispuesta a luchar con Tobi cuando este se infiltra en Amegakure en su intento de robar el Rinnegan de Nagato, diciendo que ella estaba esperando el momento en que pudiera acabar con él de una vez. Konan comenzó su batalla contra Tobi, al principio lo atacan con Shuriken de Papel pero sin ningún efecto. Luego Konan rodea a Tobi con su papel. Tobi trató de matar a Konan, pero no se da cuenta hasta el último momento de que ella había escondido entre el papel pergaminos bomba, en un intento de matarlo con un ataque suicida. Ella recuerda con cariño su tiempo como miembro de Akatsuki y de Yahiko mientras ella detonó la explosión. Sin embargo, Tobi fue capaz de tele transportar la mayoría de la explosión a costa de su brazo derecho. Tobi felicitó a Konan, indicando que la tomó a la ligera, y luego le preguntó si ella había terminado con su plan maestro. Konan contrarresta preguntándole si sabía por qué ella y Nagato lo había traicionado. Después de que él declaró que no le importaba, ella gritó con enojo que la razón era porque él es la oscuridad. Luego procedió a activar una técnica secreta que transformó el lago sobre ellos en un mar de papel. Jutsu- Persona de Papel de Dios Konan usando su Jutsu: Persona de Papel de Dios. Dentro de su técnica procede a activar los 600 billones de Sellos Explosivos causando una inmensa explosión que dura por 10 minutos, haciéndole creer a ésta que acabaría con él ya que no iba a tener tiempo de absorber todos los explosivos ya que Tobi sólo podía pasar a través de la materia por un periodo de 5 minutos. Después de gastar todo su chakra en esa última técnica, recuerda las palabras que le dijeron sus antiguos amigos, pero en ese momento, cuando ella estaba por declarar la muerte de Tobi, resulta que este sobrevivió gracias a Izanagi y aparece por detrás de ella atravesándola con una cuchilla. Ahí, su enemigo le habla un poco de su historia y la del Sabio de los Seis Caminos haciéndole saber que este tenía los poderes del clan Uchiha y Senju. Después de esto, ella se libera de la cuchilla y con sus últimos esfuerzos, ataca a Tobi con un Chakram de Papel pero es detenida y estrangulada por Tobi ocasionado que quedará inconsciente y posteriormente muriera.
